Mutadis intervient dans des situations et autour d'activités caractérisées par des enjeux complexes impliquant une pluralité d'acteurs : suivi des activités industrielles à risques pour l'homme et pour l'environnement, réhabilitation des conditions de vie dans un environnement contaminé, gestion des déchets radioactifs, évolution du développement scientifique et technique (ex : nanotechnologies), développement de l'agriculture durable, sylviculture durable, développement territorial, développement des énergies renouvelables. Mutadis est notamment intervenue depuis 1991 sur la question de la réhabilitation des conditions de vie des territoires contaminés par l'accident de Tchernobyl en Ukraine et en Biélorussie.
Mutadis développe notamment des approches innovantes de gouvernance démocratique dans des contextes où les formes traditionnelles de régulation, d'expertise et d'interaction avec la société doivent évoluer pour prendre en compte des situations complexes, porteuses d'enjeux multiples et qui comportent souvent des dimensions d'incertitude. En partenariat avec différentes équipes de recherche, Mutadis développe des projets coopératifs pour concevoir et expérimenter avec les acteurs concernés des formes nouvelles de gouvernance inclusive et pour favoriser une évolution des dispositifs de coordination, de régulation et d'expertise vers ces nouvelles formes de gouvernance.
Les interlocuteurs de Mutadis sont les suivants : pouvoirs publics européens et nationaux, experts, collectivités territoriales, associations et collectifs, commissions locales d'information, opérateurs de recherche et opérateurs industriels.