- Etudes qualitatives en sciences sociales (sociologie, sciences sociales) ; Mutadis s'appuie sur des méthodes développées dans un cadre académique et permettant d'appréhender avec rigueur les enjeux des problématiques étudiées.
- Recherche coopérative : dans des situations complexes pouvant comporter de multiples dimensions (sociale, sanitaire, environnementale, économique, politique, culturelle, etc) et faisant intervenir de nombreuses catégories d'acteurs (société civile, Etat, industriel, élus, professionnels, experts techniques...), il est particulièrement utile de permettre aux différents acteurs de conduire en commun des démarches de recherche sur les questions qu'ils souhaitent investiguer dans le cadre de méthodes adaptées. Mutadis s'appuie pour cela sur les méthodes de l'enquête coopérative et en particulier sur les travaux de J. Dewey. Ces méthodes ont été développées et validées par une expérience de plusieurs années. Elles ont permis des investigations de problématiques complexes d'ordre pratique (gestion des déchets, modalités de participation de la société civile, ...) et théorique (élaboration de nouveaux cadre de gouvernance par exemple...).
- Co-expertise et engagement stratégique : la prise en charge d'une situation complexe et multi-acteur échappe largement par définition à des stratégies reposant sur une seule volonté (qu'elle soit celle d'un acteur unique ou un intérêt général déterminé par le politique). L'enjeu est alors de permettre à différents acteurs de construire ensemble leur engagement dans la prise en charge d'une question qui ne présente pas les mêmes enjeux pour chacun. Mutadis propose d'employer des méthodes permettant aux acteurs de construire ensemble, sans cependant perdre leurs individualités, les conditions d'une co-expertise du problème qui les préoccupe et, à partir de là , de construire les conditions de leur engagement stratégique dans la construction et la mise en œuvre de solutions. Certaines méthodes ont été développées dans un cadre universitaire et ont fait leurs preuves dans la gestion de nombreuses crises complexes. Mutadis s'appuie notamment sur la méthode PAT-Miroir développée par l'UTC (Compiègnes) et qui vise à faciliter la coopération entre acteurs. Elle met également en œuvre la méthode de l'Audit Patrimonial, développée au sein de l'Institut AgroParisTech, et qui vise à créer les conditions d'un engagement stratégique durable des acteurs d'une situation. D'autres approches méthodologiques ont été développées dans des contextes opérationnels de recherche (programme ETHOS et CORE, Programme TRUSTNET, programme COWAM).
Mutadis entretient par ailleurs une activité de veille, de mise à jour et de recherches de nouveaux outils méthodologiques, en particulier par de fortes connexions avec le monde universitaire.